nf-coreGPT-Conseils d'experts en bioinformatique gratuits

Example

nf-coreGPT offre des pipelines standardisés pour les tâches bioinformatiques courantes. Par exemple, un pipeline pour l'analyse du séquençage du génome entier (WGS) intègre des étapes comme le mappage des lectures, l'appel de variantes et l'annotation, assurant que les meilleures méthodes pratiques sont suivies.

Scenario

Un chercheur en génomique utilise le pipeline WGS pour analyser des échantillons de patients à la recherche de variations génétiques associées à une maladie, bénéficiant des étapes préconfigurées et optimisées.

Example

L'utilisation de conteneurs Docker et Singularity dans les pipelines nf-coreGPT encapsule l'environnement logiciel, assurant la reproductibilité sur différentes plates-formes de calcul.

Scenario

Une équipe de chercheurs collabore sur une étude multicentrique. En utilisant nf-coreGPT, ils s'assurent que l'analyse des données est cohérente et reproductible dans différents laboratoires, indépendamment des différences matérielles et logicielles sous-jacentes.

Example

Bien que nf-coreGPT fournisse des pipelines standardisés, il permet également une personnalisation pour répondre à des besoins de recherche spécifiques. Les utilisateurs peuvent modifier les pipelines existants ou en créer de nouveaux à l'aide de la syntaxe DSL2 Nextflow.

Scenario

Un biologiste spécialisé en cancer adapte un pipeline d'analyse RNA-seq pour inclure des étapes supplémentaires de détection de gènes de fusion, vitales pour sa recherche spécifique sur la leucémie.