The ATOM library tutor-Simulacion molecular gratuita de MATLAB

Example

Usando 'import_atom_pdb(filename)' para importar un archivo .pdb en MATLAB, transformando los datos en un formato estructurado para facilitar la manipulación.

Scenario

Un investigador puede importar una estructura proteica de un archivo PDB para analizar su conformación o para prepararla para simulaciones de dinámica molecular.

Example

Utilizando 'rotate_atom(atom, Box_dim, alpha, beta, gamma)' para rotar una estructura molecular dentro de una caja de simulación.

Scenario

Ajuste de la orientación de una molécula de fármaco dentro de un complejo más grande, como un sistema proteína-ligando, para explorar diferentes modos de unión.

Example

Creación de un sistema de arcilla mineral hidratada para simulaciones de Gromacs usando 'solvate_atom(...)' para agregar moléculas de agua alrededor del mineral.

Scenario

Un geoquímico modela la interacción del agua con los minerales de la arcilla para comprender el comportamiento del suelo o la migración de contaminantes.

Example

Aplicación de 'bond_valence_atom(atom, Box_dim)' para calcular valencias de enlace en una estructura mineral, ayudando en el análisis de la química cristalina.

Scenario

Un cristalógrafo investiga la estabilidad de un nuevo mineral calculando sus sumas de valencia de enlace.